Технологии ферментации в Европе: новые перспективы и вызовы для биоэкономики

En juin se tenait à l’Université de Lille le congrès scientifique Advanced Fermentation Technology 2026 (organisé conjointement par la Chaire industrielle VALOREEMA et le think tank Adebiotech), l'occasion de revenir sur les avancées des technologies de fermentation et les enjeux qui traversent la filière. Déjà largement maîtrisée, la fermentation industrielle ouvre aujourd’hui de nouvelles perspectives pour produire des biomolécules biosourcées. Entre exigences de compétitivité, défis du changement d’échelle et potentiel de l’IA, la filière est en plein essor. Déjà utilisée dans la brasserie ou encore la boulangerie depuis des milliers d’années, la fermentation industrielle est très développée en France comme en Europe. « Le process est bien maîtrisé, avec des productions à l’échelle des centaines de mètres cubes sur de multiples sites, avec des applications variées », explique François Coutte, professeur de Microbiologie et de Biologie moléculaire à Polytech-Lille. Mais la technologie ne cesse de progresser et les entreprises cherchent désormais à produire des biomolécules pour des secteurs d’activités de plus en plus variés. « Il y a une vraie demande. Le marché de la fermentation est tiré par une volonté de naturalité, qui vient avec la biodégradabilité des molécules ; par les ressources pétrolières qui se raréfient et deviennent plus chères, et enfin par la nécessité de remplacer les molécules les plus toxiques », ajoute le professeur. Ces trois éléments poussent les industriels à trouver des solutions de remplacement. D’autant que la Chine, l’Inde et les États-Unis ont déjà pris une longueur d’avance sur ces technologies d’avenir, laissant la France et l’Europe face à un enjeu majeur : accélérer pour ne pas décrocher. C’est suite à ce constat qu’est en train d’être développé à l’échelle européenne le Biotech Act qui vise à promouvoir ces technologies, en particulier dans le domaine de la santé humaine. Des défis à relever Les molécules biosourcées issues de la fermentation sont certes très demandées, mais à condition qu’elles soient aussi efficaces et à des prix équivalents à ceux des molécules pétrosourcées. « Il faut concurrencer les procédés chimiques en termes de rendements, de reproductivité et d’efficacité », précise François Coutte. L’un des principaux problèmes reste celui lié à l’hétérogénéité du milieu. À taille industrielle, différentes parties du bioréacteur vont avoir des homogénéités diverses et donc impacter les rendements et la productivité du procédé. « Les instabilités génétiques ou phénotypiques des systèmes microbiens peuvent également entraîner des problèmes de productivité ou de reproductibilité lorsqu’on change d’échelle », ajoute le professeur. À cela s’ajoute la difficulté pour récupérer la molécule une fois sortie du fermenteur. Cette étape peut représenter jusqu’à 60 % du prix de la biomolécule. « Il faut réfléchir à l’opération de fermentation et de récupération ensemble pour éviter des surcoûts et que le procédé ne soit trop complexe. Cela doit être très réfléchi, surtout quand on produit des molécules complexes », explique François Coutte. Au-delà de ces problématiques historiques, la filière est confrontée à de nouveaux enjeux, notamment autour des données et de l’utilisation de l’intelligence artificielle. « Il y a toute une réflexion autour de cette question : est-ce que les données sont suffisantes pour être reproductibles ? Est-ce qu’elles sont bien standardisées ? Ce qui est dommage, c’est que nous n’avons pas accès aux données des industriels, qui sont soumises au secret. Pourtant en entraînant l’IA avec ces informations obtenues à une plus grande échelle, le développement des procédés pourrait grandement en bénéficier », remarque François Coutte. Avec de telles informations, il serait alors possible de développer des jumeaux numériques des bioprocédés encore plus précis et ainsi de prédire le comportement des fermenteurs, d’optimiser la production et, potentiellement, de réduire les coûts énergétiques.